cut -f1,2,3 bed_file
參數
-d 分割字元
-f 欄位
grep -v '>' fa_file > seq_file
參數
-v 相反
-E 支援正規表達
sort -k1,2 -k2,1 -g -u
參數
-t 分割字元
-k 欄位
-g 數字排序
-u 去除重複
head
參數
-n 行數
-c Bytes
tail
參數
-n 行數
-c Bytes
sed '/3Q/OK/g'
參數
-n 行數， -n '100,200p'， 100~200行
-i 直接改變原本的檔案
find /pokemon -name "*.tar"
參數
-delete 刪除找到的檔案
-name 找檔名，可以是正規表達式
join (要先 sort)
join -1 1 -2 1 -a 1 -a 2 -e '-' -o '0,1.1,1.2,1.3,1.4,2.1,2.2,2.3,2.4' file1 file2
sort -k5 f1 > f3 && sort -k5 f2 > f4 && join -1 5 -2 1 f3 f4
參數
-a 沒對到的也顯示，以某檔案為主
-v 只顯示沒對到的，以某檔案為主
-1 第一個檔案的欄位
-2 第二的檔案的欄位
-o 設定輸出格式
-e 沒有對到的欄位，用某字串取代 (要有 -o 才有用)
df -ah
看設備資訊
du -sh /pokemon
du -sh /pokemon/*
計算資料夾內涵大小
ls
參數
-a 顯示隱藏檔
-l 條列顯示
-t 利用修改時間排序
-h 隱藏 Bytes
pwd
顯示目前路徑
wc
參數
-c bytes
-l lines
split -a 2 -l 4 -d file prefix.split_
-a 分割檔名字數
-l 每幾行切一個檔案
-d 檔案名稱用數字命名
xargs
echo prefix.split_{00..04} | xargs -n 1 head
time echo {0..5} | xargs -n 1 -P 10 sleep
script
#!/usr/bin/sh
string="test"
if [ $string == "test" ] ; then
echo "in if "
elif [ $strint="test2" ] ; then
echo "in elif"
else
echo "in else"
fi
while [ condition ]
do
程式段落
do
程式段落
done
for (( i=1; i<=$nu; i=i+1 ))
do
done
for k in 'a b c d e f g'
for sitenu in $(seq 1 100)
for f in `ls *.fa`
read -p "Please input a number, I will count for 1+2+...+your_input: " nu
expr 計算
test 檢查檔案
參數
-e 檔案或目錄是否存在
awk
常用參數
-F ","
-f awk_script
預設變數
FS 欄位切割符號, (\t)
RS 切割換行符號, (\n)
OFS 輸出欄位符號, (\t)
ORS 輸出換行符號, (\n)
NF 欄位數目
NR 目前是第幾行
執行範例
BEGIN
{
a=1;
}
{
a+=1;
if(a==100)
{
print $1;
}
else
{
for(i=a;i<5 div="" i="">
{
print $0" - "i
}
}
}
END
{
print;
}
內建函示
gsub 整行取代
sub 取代一次
split 切割成array
length 取得字串長度
index 取得某字元在某字串第一次出現的位置
substr 用特定長度切割字串
tolower 轉小寫
toupper 轉大寫
atan2
cos
exp
int
log
rand
sin
sqrt
自定 function
function csplit(s, A, n, i)
{
n = length(s)
for( i = 1 ; i <= n ; i++ ) A[i] = substr(s, i, 1)
return n
}
wget
apt-cache search
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service apache start
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